1、痔疮，电子肛门镜是检查痔疮的一项重要方法，通过肛门镜可以看清痔核的位置、大小及形态，以及是否有糜烂、溃破、出血等情况。

2、肛裂，肛裂是否要做电子肛门镜检查，可根据具体情况而定，如有必要做，可在局麻下进行，通过肛门镜检查，能够更好的明确肛裂伤口部位以及长度，同时明确是否存在多处肛裂伤口的情况。

3、肛周脓肿，肛周脓肿通常需要进行电子肛门镜检查，使用肛门镜的目的是查看肛周脓肿是否与肛内相通，如果脓肿的肿块与肛内相通，挤压肿物时，一般会在对应的肛隐窝处流出黄白色的脓液。而且使用肛门镜，还会观察到肛隐窝处黏膜颜色是否发生改变，以帮助明确内口的位置。

4、肛瘘，电子肛门镜对肛瘘起到协助诊断的作用，通过肛门镜检查，可以观察肛隐窝有无充血、凹陷、流脓，一般来说内口多在发炎的肛隐窝内。

5、直肠脱垂，电子肛门镜检查能够查清直肠及末端是否存在直肠脱出的症状，确定患者是否存在直肠粘膜松弛、出血、糜烂、溃疡等异常症状。

6、肛乳头肥大

7、直肠息肉，电子肛门镜检查对于发现直肠下端的息肉也有一定帮助，通过电子肛门镜检查，可以明确息肉的部位、大小，以及息肉表面黏膜的情况，是否有糜烂出血等。

8、直肠癌，此外，肛门镜还可以查出部分低位直肠癌，通过电子肛门镜可以观察直肠癌肿瘤的位置、大小、范围、形态等，也可以通过肛门镜取直肠癌癌肿局部的组织送病理切片检查。