1、检查的部位不同

电子肛门镜和肠镜虽然都是用来检查肛肠疾病的医疗设备，并且检验准确度都比较高，都属于临床中常用的检查方法。但可以说肠镜是检查除了小肠以外全部肠道组织的一种检查方法，可以发现大部分肠道包括直肠发生的病变。

而肛门镜只是用来检查位于肛门上端的直肠组织的检查方法，只能发现直肠出现的一些病变，如慢性溃疡性直肠炎、直肠肿瘤等。

因此，肠镜检查相对来说比较复杂一些，而肛门镜检查就比较简单了。同时，也因为肠镜检查可以检查全肠道，临床中一般都建议受检者进行全肠道检查。

2、检查时间长短不同

因为肠镜是检查大部分肠道组织的一种检查方法，因此检查需要的时间也比较长。

一般来说，做完整个肠道检查至少需要30分钟的时间。有些患者在检查过程中发现了可疑的状况，还需要同时进行活检，检查时间同样也会随之延长。

而进行肛门镜检查时所用的时间就比较短了，大多数受检者在10分钟左右就可以完成检查。

3、检查期间不适感不同

相对于肠镜检查来说，肛门镜检查是一种比较轻松的检查。因为受检者在检查过程当中会出现的不适症状比较少，几乎可以忽略。

而进行肠镜检查时，需要把带有摄像头的一根管子伸入到肠道内，过程中还需要往肠道内充气，受检者会出现一定的腹部饱胀感。好在现在有了无痛全麻肠镜检查，睡一觉的功夫，检查就结束了。